Substituoiduilla sykloalkaaneilla voi olla useita avaruusrakenteita. Esimerkiksi 1,2-dimetyylisyklopropaanilla on kaksi stereoisomeeriä, joissa toisella metyyliryhmät ovat samalla puolella ja toisella eri puolella rengasta. Tällaista isomerian muotoa sanotaan cis-trans-isomeriaksi. Cis-isomeerissa substituentit ovat renkaan samalla puolella ja trans-isomeerissa renkaan vastakkaisilla puolilla.