Koe-eläinten käyttäjiltä laskutetaan eläinten hoitopäivät ja eläinten luovutushinta voimassaolevan hinnaston mukaisesti. Hinnat ovat eläinlajikohtaisia, erikseen yliopiston sisäisille käyttäjille (subventoitu hinta, laskutetaan yliopiston sisäiseltä projektilta) ja yliopiston ulkopuolisille käyttäjille (subventoimaton hinta, laskutetaan yliopiston ulkopuolelta). Yhteisrahoitteisesta hinnoitteluperusteesta on ilmoitettava erikseen eläintilauksen yhteydessä. Sisäisen laskutuksen hintoja + 6% yleiskustannusmaksua (+ALV tarvittaessa) sovelletaan eräiden säätiöiden ja ulkomaisten yliopistojen laskutuksessa, kun projektin vastuuhenkilö on yliopistoon palvelussuhteessa ja tällä rahoituksella toteutettava tutkimus tapahtuu Itä-Suomen yliopistossa ja on siten yliopiston tutkimustoimintaa. HoitopäivätHoitopäivälaskutus perustuu kahdesti viikossa tarkistettavaan eläininventaariin, johon on laskettu jokaisen tutkijan eläimet lajeittain, kannoittain, sukupuolittain ja lupanumeroittain. Laskutuksen täsmällisyyden takaamiseksi myös eläinten käyttäjän on ilmoitettava uusien, lopetettujen tai eläinyksiköstä muualle siirrettyjen eläinten lukumäärä kirjallisesti joko merkitsemällä muutos suoraan häkkikorttiin tai inventaarilomakkeeseen. Eläinten käyttäjän on myös huolehdittava, että inventaarilomakkeessa on asianmukainen eläinkoelupanumero tai EKS-ilmoitusnumero ja laskutusosoite. Käyttäjän itse tuottamien eläinten hoitopäivähinta on sama kuin muidenkin saman lajin koe-eläinten hoitopäivähinta. Tuotetut pennut lisätään eläininventaareihin vieroituksesta.  Luovutus
KEKissä tuotettujen eläinten luovutushinta lasketaan eläimen iän mukaan (0-3 viikkoisen hinta + hoitopäivät luovutukseen asti). Tilattaessa eläimiä painon mukaan, hinta on ko. painoa iältään vastaavan eläimen hinta. Käyttäjä maksaa muualta tuotettujen eläinten kaikki kustannukset suoraan ilman kustannusten kierrättämistä KEKin kautta (mm. toimittajan luovutushinta, rahtikustannukset jne.). Asiakkaita laskutetaan pääsääntöisesti kerran kuukaudessa edellisen kuukauden inventaarien ja luovutusten mukaisesti. Laskutusväliä voidaan muuttaa asiakkaan toiveiden tai KEK:n oman päätöksen mukaan käytännön toimintaa paremmin vastaavaksi. Muu laskutusLaitoksen muu palvelutoiminta ja tuotteet laskutetaan voimassa olevan hinnaston mukaisesti. Palveluihin kuuluu mm. toimenpiteissä avustaminen, näytteiden otto ja kuljetuspalvelut. Työn osalta minimiveloitus on 30 min. Muita tuotteita ovat mm. lääkkeet, rehut ja kuivikkeet, kuljetuslaatikot ja eläinten seerumit | 
