Farmaseuttisessa tiedekunnassa voi tieteellisenä
jatkotutkintoja suorittaa farmasian lisensiaatin (FaL), farmasian tohtorin (FaT) tai
filosofian tohtorin (FT) tutkinnon. Tieteellisen jatkokoulutuksen pääaineet ovat:
biofarmasia,
farmakologia,
farmaseuttinen kemia,
farmasian teknologia,
sosiaalifarmasia ja
toksikologia.
Tiedekunnassa suoritetaan vuosittain keskimäärin 11 tohtorin tutkintoa.
Kuopion yliopiston farmaseuttisella tiedekunnalla ja
Helsingin yliopiston farmasian tiedekunnalla on yhteinen
Farmasian
tutkijakoulu. Lisäksi tiedekunta osallistuu Oulun yliopiston
koordinoimaan toksikologian tutkijakouluun ja sillä on yhteistyötä
monien muiden tutkijakoulujen kanssa. Farmasian tutkijakoulu ja
toksikologian tutkijakoulu kuuluvat
FinPharmaNet
tutkijakouluverkostoon.